سید محمد خاتمی فرزند مرحوم سید روح الله خاتمی در سال ۱۳۲۲ هجری شمسی ـ ۱۹۴۳ میلادی - در شهر اردکان واقع در استان یزد متولد شدند. پدر ایشان از روحانیون نیکنام و بلند آوازه آن دیار بود . آن مرحوم موسس مدرسه علمیه اردکان بودند و امامت جمعه شهرستان یزد را بر عهده داشتند .آقای سید محمد خاتمی دو برادر و چهار خواهر دارند . در سال ۱۳۵۳ با خانم زهره صادقی ازدواج کردند که ثمره این ازدواج دو دختر و یک پسر به نامهای لیلا (۱۳۵۴) ، نرگس (۱۳۶٠ ) و سید عمادالدین (۱۳۶۷) است .
تحصیلات ابتدایی ، متوسطه و دبیرستانی ایشان در اردکان طی شد و در همه این سالها جزء شاگردان ممتاز کلاس بودند . در سال ۱۳۴٠ (۱۹۶۱ میلادی ) پیش از اخذ دیپلم به شوق تحصیل در علوم و معارف دینی ، در حالیکه بخشی از مقدمات را در محضر پدر فرا گرفته بودند ، رهسپار شهر قم شدند و در همان سالها دیپلم متوسطه را نیز در رشته طبیعی دریافت داشتند. آقای سید محمد خاتمی ضمن حضور در مبارزات سیاسی حوزه در سالهای ۴۱ و ۴٢ به مدت چهار سال تحصیل در حوزه علمیه قم "مقدمات " و " سطح " را فراگرفته و در سال ۱۳۴۴ هجری شمسی ( ۱۹۶۵ میلادی ) برای تحصیل در رشته فلسفه به دانشکده ادبیات اصفهان راه یافتند و همزمان با آن ، سطوح عالیه علوم دینی را در حوزه علمیه اصفهان ادامه دادند .

در سال ۱۳۴۸ هجری شمسی ( ۱۹۶۹ میلادی ) با درجه کارشناسی از دانشگاه اصفهان فارغ التحصیل شده و بدنبال آن و علیرغم داشتن شرایط اجتهاد برای معافیت از خدمت سربازی "بالاجبار به خدمت سربازی اعزام شدند". در سال ۱۳۴۹ هجری شمسی ( ۱۹۷٠ میلادی ) در دوره کارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران پذیرفته شدند و به ادامه تحصیل پرداختند و در حالیکه که امکان استفاده از بورس تحصیلی دوره دکترا در خارج از کشور از طرف دانشگاه تهران برایشان فراهم شده بود به شهرستان قم بازگشتند و طی چندین سال اقامت ، با کوشش و جدیت مراحل دروس " خارج " " فقه و اصول " و دوره عالی فلسفه را مجلس درس مرتضی حائری یزدی ، وحید خراسانی ، سید موسی شبیری زنجانی ، شهید مرتضی مطهری و عبدالله‌ جوادی آملی گذراندند .
همزمان با این ایام در دروس خصوصی آقای مطهری پیرامون فلسفه هگل و مارکسیسم و معارف و کلام شرکت می جستند . آقای خاتمی که همواره دغدغه های شخصی خود را در زمینه معارف ، علوم دینی ، اجتماعی و فرهنگی پیگیرانه دنبال می کردند ، نسبت به تالیف آثاری اهتمام کردند که حاصل آن دهها مقاله ، گفتار و کتاب می باشد.

سال ۱۳۴٠ : دروس حوزوی
سال ۱۳۴۴ : تحصیل در رشته کارشناسی فلسفه غرب در دانشگاه اصفهان
سال ۱۳۴۷ : عضو هیات مدیره انجمن اسلامی دانشگاه اصفهان
سال ۱۳۴۸ : اخذ درجه کارشناسی از دانشگاه اصفهان
سال ۱۳۴۹ : تحصیل در دوره کارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران
سال۱۳۵٠ : بازگشت به قم و ادامه دروس عالی حوزوی بمدت 7 سال تا بالاترین درجه تحصیلات حوزوی (اجتهاد - معادل دکتری )
سال ۱۳۵۸ : تصدی ریاست مرکز اسلامی هامبورگ
سال ۱۳۵۹ : یکسال پس از پیروزی انقلاب اسلامی نماینده مردم اردکان و میبد در مجلس شورای اسلامی
سال ۱۳۶٠ : سرپرست موسسه مطبوعاتی کیهان به فرمان آیت الله خمینی
سال ۱۳۶۱ : وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در کابینه آقای مهندس میر حسین موسوی
سال ۱۳۶۸ : وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در کابینه آقای هاشمی رفسنجانی
سال ۱۳۷۱ : مشاور رییس جمهور و رییس کتابخانه ملی ایران
سال ۱۳۷۱ : آغاز تدریس در دوره‌های کارشناسی ، کارشناسی ارشد و دکتری در دروس اندیشه سیاسی ، فلسفه سیاست و اندیشه سیاسی در اسلام
سال ۱۳۷۵ : عضویت در شورای عالی انقلاب فرهنگی به فرمان سید علی خامنه ای
سال ۱۳۷۶ : ریاست جمهوری اسلامی ایران (دوره اول )
سال ۱۳۸٠ : ریاست جمهوری اسلامی ایران (دوره دوم